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地中海及其周边地区生活着大约 25,000 种陆生和水生植物。其中一半在地球其他地方找不到。 IUCN 红色名录对地中海的 473 种水生植物进行了研究。该组织确定，其中至少 15% 面临灭绝的风险。除了受到威胁的本土植物外，地中海还引入了水生植物群。污染、海洋生物群落退化和入侵物种都对地中海水生植物产生影响。
水薄荷
水仙草，也称为沼泽仙草（Hydrocotyle vulgaris），是一种在地中海发现的水生植物物种。虽然原产于北非和欧洲地区，但它并不是地中海地区的地方病，也不是唯一发现的。 5英寸宽的叶子，形状像圆形盾牌，漂浮在水面上。水仙草开花时会开出不显眼的白色花朵。它们在地中海生物群落中并没有面临危险。
白莲花
白莲花，也称为埃及白睡莲（Nymphaea Lotus），生长于地中海地区的死水中。原产于尼罗河，现已被引入地中海生物群落。花茎从漂浮的睡莲叶上分出，高度可达 20 英寸。花朵呈白色、多瓣、星形。白莲花在地中海地区濒临灭绝。
水葫芦
水葫芦（Eichornia crassipes）是地中海盆地的一种入侵物种，原产于南美洲。根据世界自然保护联盟红色名录，地中海地区的水葫芦数量每两周就会增加一倍。这种植物的革质长叶漂浮在水面上，阻止阳光穿透，从而影响下面的生态系统。水葫芦还会与本地水生植物竞争并干扰船只交通。该物种会开出艳丽的蓝紫色花朵。六瓣花在茎的顶部形成细长的花丛或管。
海王星草
海王星草（Posidonia oceanica）目前仅在地中海和澳大利亚南部水域发现。它可能在 15 至 165 英尺的深度被发现。它的带状草叶沿着水平根茎慢慢生长，形成水下草甸。不幸的是，它正被一种引进的水生绿藻——花旗蕉严重击败。花旗蕉从加勒比地区引进，并很快在地中海地区大量繁殖。它的羽毛状绿色叶片形成侵入性团块。据水生和入侵植物中心称，在其建立的地区，它每年能够杀死 45% 的海王星草种群。
